Самый точный ответ: так получилось :)
Хлорофилл и прочие пигменты, улавливающие свет, появились эволюционным путём, который далеко не всегда оптимальный.
С другой стороны, зелёный свет хуже всего проникает в воду, а фотосинтетическая система развивалась именно в водной среде.