Во время сна мозг пусть и работает, но явно в другом режиме, который отличается от состоянии бодрствования. Поэтому мозгам требуется время для того, чтобы перестроиться.
Если быть чуть точнее и более научным:
После пробуждение происходит перестройка кровообращения (во время сна мозг недополучает энный объем крови), которая занимает время - это время и есть своеобразная зона "сна по инерции", когда тяжело принимать решения, думать итд итп.
Также не стоит забывать о том, что человек может быть подвержен действию гормона аденозина, который вырабатывается / накапливается в течении дня и вызывает чувство сонливости (оказывает тормозящее воздействие на цнс). Во время сна его содержание уменьшается. Соответственно, если сон был нарушен, то и ваш мозг будет немного "заторможенным"