Почему судьи принимают иски фондов капремонта МКД к неплательщикам взносов на капремонт?

Ответ очевидный. Потому что обязанность по уплате взносов установлена нормативным актом, а ее неисполнение неплательщиком нарушает право фонда на получение взноса.
Если фонды используют средства нецелевым образом, не исполняют обязанности и т.п., то для оспаривания таких действий (бездействий) у собственника квартиры есть свои способы защиты, включая судебные.
Иными словами, даже если лицо плохо себя ведет, у него все равно есть право на судебную защиту от того, кто тоже плохо себя ведет.