Самое простое и по мне самое понятное объяснение- Питер находится очень близко к границе, из-за такого положения он мог бы стать лёгкой мишенью в военное время.
Большевики намного уютней чувствовали себя в Москве. Там у них было больше поддержки от населения. Это главная причина)