Всё просто: при сильных эмоциях у человека учащается сердцебиение. Путем простого, но не обязательно верного логического рассуждения люди заключили, что раз так происходит, значит сердце и является источником этих эмоций. Отсюда и "холодное сердце" - человек видит что-то нехорошее, но ему все равно, никаких эмоций он не испытывает и сердцебиение не меняется. Со временем оборот прижился и менять его никто и не думает