Отвечая на вопрос:
Потому что разработка - это рынок. А прототип - товар. В большинстве случаев заказчик не может предоставить вменяемы прототип (он либо закажет его у Разработчика, либо переплатит за Доработки, не учтенные в прототипе, а они будут)
Прототип - вещь в хозяйстве нужная и полезная, проблема в том, что делать его должен специалист.
Если делает "кулибин" - он только затягивает сроки, увеличивает бюджет (за прототип надо платить или тратить на него свое время (что равноценно деньгам)+когда не хватает опыта, есть неоднозначные решения по юзабилити сайта, и т.д.)
Самое печальное - когда владелец небольшого бизнеса решает сам писать прототип, не имея понятия как это делать правильно (обычно людей удивляет, что какие-то там "схемки" со стрелочками и квадратиками с текстом стоят нормальных денег, они говорят: "да такое я и сам могу"), а потом дизайнер и верстальщик (программист) сдирают с них три шкуры потому что приходятся что то постоянно доделывать, т.к. "этого в Вашем прототипе не было", "про это в ТЗ не было написано" и прочее.
На мой взгляд, если нет опыта и адекватного специалиста - лучше не делать прототип, просто на словах объяснить специалистам что надо или заполнить подробный бриф, что будет намного эффективнее, нежели кривой протитп и пустое ТЗ к нему.