Патриарх Никон был человеком деспотичным, тщеславным и любящим властвовать. Он использовал свой статус «Великого государя» для достижения личных целей, для чего пытался влиять на царя. Однако люди, имевшие такое влияние в действительности, сумели сделать так, что отношения между царем и патриархом испортились вконец. Например, принятие Соборного уложения в 1649 году, согласно которому владение духовенством землями попадало под определенные ограничения, поставило Церковь в прямое подчинение государству. А любые доходы с церковных вотчин, сдававшиеся в государственную казну согласно Монастырскому приказу, снизило независимость монастырей. К тому же, объединение церковных судов с мирскими пагубно сказалось и на авторитете Церкви, и на ее власти.
Вследствие принятых законов, подстрекательств бояр, царь изменил отношение к Никону, а также к Церкви в целом. Отчаявшись, в 1658 году патриарх театрально сложил с себя чин и объявил о том, что отправляется жить в Воскресенский монастырь. Расчет на то, что Алексей Михайлович растеряется, узрев пустующий патриарший трон, не оправдался. Царь сумел дождаться приезда вселенских патриархов, которое произошло только в 1666 году и официально был лишен сана.