Есть два варианта:
Вы сидите в наушниках, а от них уши еще как могут болеть, а если они вообще тугие (студийные какие-нибудь), то еще и голова в районе височных костей болеть будет.
Умственное перенапряжение и перенапряг в принципе.
Когда вы сидите за компьютером (очень сомневаюсь, что вы сидите, так сказать, по ГОСТу, соблюдая правила поведения за компьютером) происходит очень хорошая концентрация на происходящем, особенно, если вы рисуете/программируете/набираете большие тексты или читаете. Вы думаете, напрягаете мозг и глаза. Плюс ко всему, вы сосредотачиваетесь, попробуйте на протяжении 4-8 и более часов заниматься одним делом, не отвлекаясь - будет почти так же болеть, как после компьютера. В общем, ваш мозг и ваше тело находятся в напряжении, в ходе каких-то там процессов в нашем организме - повышается внутричерепное давление, а оно может вполне отдавать в уши.
По своему опыту: у меня после 6+ часов активной монотонной работы за компьютером с перерывами менее 30 минут - очень болит затылок, а в уши как будто воды налили.