Если вы проводили процедуру сами, то, возможно, выполнили промывание не совсем правильно - неправильное положение головы, слишком резкие движения. В таком случае боль пройдет сама. Обратите внимание на технику выполнения. Также это может быть обусловлено индивидуальной реакцией вашего организма, особенно если процедура для вас новая и раньше вы не делали ее. В таком случае боль также пройдет постепенно сама собой.
Если же боль не проходит - обращайтесь к врачу за диагностикой.
Нервные окончания в носоглотке получают раздражение, что и приводит к головной боли. Тем более, что носоглотка находится как раз на голове. Анатомия такая.