Условно говоря, есть два типа PDF-файлов (не технически, а именно с точки зрения пользователя).
Один - это обычный текстовый файл, который просто сохранён в другом формате. В таком файле вы можете выделить текст мышкой, скопировать его. И яндекс-переводчик тоже его "видит".
Второй - это скан. Скан представляет из себя не текст, а рисунок. Для компьютера (и для яндекс-переводчика) это не отдельные символы, как в случае с текстом, а определённая последовательность чёрных, белых и серых точек - то есть, рисунок, какой-то один большой объект.
Для того, чтобы компьтер видел текст - нужно провести "распознавание текста" (обычно любые pdf редакторы это умеют). При нём комьютер находит похожие очертания и преполагает, какие буквы там должны стоять, то есть, пытается превратить рисунок в текст. Процедура эта не сосем идеальная, бывают ошибки, но другого варианта нет - либо так, либо вбивать текст вручную.
Некоторые переводчики проводят его автоматически, но, видимо, яндекс этого пока не делает)
Здравствуйте! В вашем вопросе нужно разбираться детальнее. Для этого рекомендую отправить документ команде напрямую, написав им по форме: https://yandex.ru/support/translate/troubleshooting.html