В большинстве случаев это делается для обеспечения максимально хорошего всасывания препарата. Многие препараты всасываются лучше, если их принять на пустой желудок(различные соединения в пище могут связаться с ними и образовать нерастворимые соединения, или они могут перейти в неактивном форму из за действия желудочного сока). Эти таблетки, соответсвенно, рекомендуются принимать до еды. Кроме того, натощак надо принимать те препараты, которые неблагоприятно действуют на пищеварительную систему, расслабляют гладкую мускулатуру итд. А есть препараты, которые одинаково хорошо всасываются до и после еды, то есть все равно, когда их принимать. Третья группа - это медикаменты, которые нужно принимать во время или после еды, так как они агрессивны в отношении слизистой оболочки желудка.
Соответсвенно, если принять препарат первой группы "не вовремя", то это приведет к пустой трате препарата, так как он просто не будет хорошо всасываться и желаемый терапевтический эффект не будет достигнут. А прием препарата третьей группы "не вовремя" может привести к язвам в желудке.