На это влияет множество факторов: внутриполитический, внешнеполитический, экономческий, социальный и проч. Во-первых, внутриполитический. Большой территорией с чужой культурой, а иногда и религией управлять крайне сложно, нужно выделять много административных ресурсов. К тому же, если у страны X с культурой Y есть интерес к стране W с културой Y+Q, то разумнее забрать часть территории с родной культурой Y. Во-вторых, внешнеполитический. Если забрать всю территорию страны, то соседи будут рассматривать тебя как очень агрессивного агрессора, а учитывая раздробленность Европы 15-17веков — коалиция может набраться огромная. В-третьих, экономческий. Чужая территория всегда требует больших затрат: урегулирование налоговых поступлений, подавление мятежей, экономические реформы. В-четвертых, социальная. Это, конечно, сепаратизм в завоеванных территориях. Не все люди примут оккупанта, что логично. И чем больше завоеванная территория — тем больше ресурсов потребуется на подавление мятежа. В целом, завоевание всей страны, а не отдельной территории более актуальна с 18-19 века, когда стал процветать империализм. К тому же, намного выгоднее сделать захваченную страну своим "вассалом" или марионеткой, нежели затрачивать огромные ресурсы на национализацию ошромных владений.