Появление омонимов в языке объясняется следующими причинами.
В результате заимствования иноязычных слов может произойти формальное совпадение в звучании и написании слова-"пришельца" и исконно русского. Например, существительное брак' в русском языке родственно глаголу брать (ср.: взять за себя замуж), его современное значение - 'семейные отношения между мужчиной и женщиной; супружеские отношения'. Его омоним брак - 'испорченные, недоброкачественные, с изъяном предметы производства', а также 'изъян в изделии' - заимствован из немецкого языка (Brack - 'недостаток'). Таким же образом в наш язык пришли омонимичные русским словам заимствования: клуб' (из англ.) - 'общественная организация' (ср. русск. клубдыма от глагола клубиться); лейка ' (из нем.) - 'вид фотоаппарата' (ср. русск. лейка садовая от глагола лить); норка' (из финск.) - 'хищный пушной зверек из семейства куниц', 'мех этого пушного зверька' (ср. русск. норка - уменьшительное к слову нора - 'углубление под землей с ходом наружу, вырытое животным и служащее ему жилищем').
Слова, вошедшие в русский язык из разных языков-источников, могут оказаться созвучными. Например, кран' (из голл.) - 'затвор в виде трубки для выпуска жидкости или газа' и кран (из нем.) - 'механизм для подъема и перемещения грузов'; блок' (из фр.) - 'объединение государств, организаций для совместных действий' и блок (из англ.) - 'приспособление для подъема тяжестей'; мат(из нем.) - 'мягкая подстилка из прочного материала', мат (арабск.) - 'поражение в шахматной игре', мат (из фр.) - 'отсутствие блеска, шероховатость гладкой поверхности предмета'.
Из одного языка заимствуются одинаково звучащие слова. Так, из французского заимствованы омонимы мина' - 'взрывной снаряд' и мина - 'выражение лица'; из латинского - нота' - 'музыкальный звук' и нота - 'дипломатическое обращение одного правительства к другому'.
При образовании новых слов из имеющихся в языке корней и аффиксов также появляется немало омонимов. Например, городище' - 'место древнего поселения' и городище - увеличительное от слова город; завод - 'промышленное предприятие' и завод- 'приспособление для приведения в действие механизма'; критический (от слова критика) и критический (от слова кризис); газоход - 'машина, приводимая в движение газовым двигателем' и газоход - 'ход для газа'; папочка- форма субъективной оценки от слова папа и папочка - форма субъективной оценки от слова папка.
В языке появляются омонимы и как результат совпадения вновь образованной аббревиатуры с давно известным полнозначным словом. Например, аист - 'перелетная птица' и АИСТ - 'автоматическая информационная станция'; Амур' - 'река' и АМУР - 'автоматическая машина управления и регулирования'; Марс' - 'планета' и МАРС - 'машина автоматической регистрации и сигнализации' и под. Собственно, в таких случаях можно говорить об омофонах, так как написание аббревиатур отличается от написания ранее известных слов. Причем их графическое разграничение не случайно: вводя в язык слова, омонимичные уже известным, необходимо придать им иную графическую форму, используя прописные буквы, чтобы избежать смешения этих слов в письменной речи.
Омонимами становятся исконно русские слова, претерпевшие различные изменения в результате фонетических и морфологических процессов, происходящих в языке. Например, слово лук, означающее старинное оружие, некогда имело носовой гласный, который со временем стал звучать как [у]. Это привело к совпадению этого слова с другим словом лук, означающим огородное растение. Совпали в произношении слова жать ' (от жму) и жать(от жну), которые раньше различались характером носовых гласных, звучавших на месте современного звука [а]. Утратили различия формы лечу (от лечить) и лечу (от лететь). Изначально в первой из них писалась буква c, а не е. Аналогично слово некогда' (в значении 'когда-то') также писалось с буквой c. Сейчас это омоним к некогда в значении 'нет времени'.
Источником появления омонимов может быть и разрыв в семантической структуре многозначных слов, при котором отдельные значения настолько расходятся, что уже не воспринимаются как принадлежащие одному слову. Так, из многозначности развивалась омонимия пар свет ' - 'вселенная' и свет - 'рассвет, восход солнца' Хотел объехать целый свет, а не объехал сотой доли.- Чутьсвет - уж на ногах! и я у ваших ног (Гр.), слог - 'часть слова' и слог 'стиль'; ср. также вытопить' печь и вытопить сало, махнуть рукой и махнуть на юг (разг.).
Нельзя не считаться и с тем, что перерастанию многозначности в омонимию могут способствовать изменения, происходящие в процессе исторического развития общества, в самих предметах (денотатах), в способе их изготовления. Так, некогда слово бумага означало 'хлопок, изделия из него' и 'материал для письма'. Это было связано с тем, что в прошлом бумага изготовлялась из тряпичной массы. До середины XIX в связь между этими значениями была еще живой (можно было сказать бумажное платье, ткань из шерсти с бумагой). Однако с заменой сырья для производства бумаги (ее стали делать из древесины) произошло семантическое расщепление многозначного слова на омонимы. Один из них (означающий хлопок и изделия из него) дается в словарях в отдельной словарной статье с пометой устар. Превращение многозначности в омонимию в подобных случаях не должно вызывать сомнений.