Возможно некоторые фото с айфона уже выгружены в iCloud, в этом случае они не будут загружены на Яндекс.Диск, сначала в настройках айклауда, вкладке фото, нужно выключить "оптимизацию хранения на iPhone", что бы фото выгрузились из облака на телефон, а уже после этого заново выгрузить недостающие фото.