А почему вы думаете, что если купили квартиру в 2016 году, то в 2020-м можете продавать без налога? Кто-то сказал? Или читали в Налоговом кодексе?
С 01.01.2016 минимальный предельный срок, необходимый для безналоговой продажи квартиры, перешедшей в собственность в результате её покупки, составляет пять лет. Согласно поправке, действующей с 01.01.2020 он снижен до трёх лет в том случае, если в собственности у продавца это жильё — на день регистрации перехода права. Жильё считается единственным и в том случае, если второе вы купили заранее, но не более чем за 90 суток до продажи.
Подробней читайте в пункте 3 статьи 217.1 Налогового кодекса Российской федерации. Читайте не в «бумажном» варианте, не в книге, изданной когда-то: в законы периодически вносятся поправки. Читайте в интернете — актуальную версию.
И имейте в виду: для определения «неединственности» имеет значение даже незначительная доля в праве собственности на другое жильё, хоть это и «символический» квадратный метр.
Могу предположить, что вы применили один из двух налоговых вычетов, являющихся законными для уменьшения налога, иногда бывает и до ноля. Например, вы от дохода при продаже отняли расход при покупке. Или уменьшили доход на 1 млн руб. Но при этом вы должны были ещё учесть, что если цена по договору купли-продажи была меньше 70% кадастровой стоимости, то расчет будет с этих самых 70%.
И главное: при окончании срока декларацию подавать не надо, от налога продавец в этом случае освобождается автоматически. Но вот если срок не прошёл, а применялся вычет, то надо было до 30 апреля заявить о своём желании применить это право и предоставить декларацию 3-НДФЛ. Если это так – вот вам налог и начислен. Теперь надо обращаться в налоговую инспекцию и разбираться в вопросе. В любом случае штрафа уже не избежать.
Если всё же посчитаете, что вы правы, то тоже идите в налоговую инспекцию и проясняйте там все вопросы. Если окажется, что у инспектора была неверная информация (жильё, к примеру, было всё-таки единственным) – добивайтесь исправления. И вам, если возникнут споры, возможно, понадобится «очный» налоговый консультант или адвокат (по гражданским делам).
Дисклеймер: никакая заочная консультация без изучения всех необходимых документов и личной беседы не может являться ни директивной, ни окончательной.