Потому что эти снимки под микроскопом действительно могут оказаться 3-д моделями какой-либо структуры, их и путают с настоящими снимками. К примеру, снимок объекта под электронным микроскопом просто не может быть цветным из-за настолько маленьких размеров образца, что длина световой волны больше него , по этой причине и есть ограничение в увеличении у обычного оптического микроскопа. Часто такие снимки просто раскрашивают для удобства восприятия. к тому же из-за иного устройства электронного микроскопа ( вместо отраженного света используются отраженные электроны) получаемый снимок уже в принципе является объектом компьютерной графики ( рендеринг здесь в принципе уместен). Вот снимок кристаллической структуры оригинал :
А вот подобный снимок, но уже раскрашенный:
