Ответ на вопрос, какие материалы прозрачны, а какие нет - многоуровневый. Во-первых все проводники, металлы, углерод непрозрачны, имеются свободные электроны, поглощающие электромагнитные волны. Диэлектрики в принципе прозрачны, но есть некоторые но. Например, сахар песок, снег непрозрачны, хотя лёд прозрачен. В куче снега свет многократно преломляется на границах льда и воздуха, и прозрачность теряется. Аналогично для остальных диэлектриков.
Воздух состоит из диэлектрических газов с ковалентными связями в молекулах азота и кислорода, однороден, и потому прозрачен.
Есть ещё тонкость. Газ хлор, например, имеет зеленоватый оттенок. Это связано со структурой молекулы хлора, имеющей линии поглощения в видимом спектре. Энергетический спектр молекул хлора и других веществ может быть вычислен на основе квантовомеханического рассмотрения. Т.е. в принципе такие свойства можно получить расчетом. Однако такой расчет настолько сложен в смысле объема вычислений, что, за некоторыми исключениями, невозможен на современных ЭВМ.
Наконец, голубой цвет неба связан не со спектральными свойствами азота и кислорода, а с рассеянием на равновесных термодинамических флуктуациях.