Ну, знаете, по сравнению с тем, что было до этого, он весьма функционален. Рассмотрим только позвоночных животных. У самцов некоторых костистых и всех хрящевых рыб есть некоторые выросты на плавниках, служащие копулятивными органами. Они присутствуют постоянно. Далее амфибии, очень разнообразные по экологии и, соответственно, морфологии. Большинство не имеет органа. На эффективности размножения это не отражается, поскольку тип размножения, выбранный животным, соответствует его образу жизни. У рептилий появляется множественный гемипенис, уже напоминающий таковой у млекопитающих. Он расправляется только в половой сезон в присутствии самки. По строению похож на несколько спаянных цилиндров, между которыми проходит желоб, по которому стекает сперма. Это прообраз будущей уретры. То же самое у тех немногих птиц, что имеют "пенис" (страусы, гусеобразные) - замкнутого канала нет, но только орган не множественный. Множественность (обычно это раздвоение) органа присутствует наряду с прочми архаичными чертами у сумчатых. У млекопитающих выводное отверстие пениса объединяет 2 канала - семя- и мочевыносящий, это, кажется, ноу-хау.
Если говорить о совсем древнем, то мужские и женские пол.органы гомологичны (имеют общее происхождение в эмбриогенезе и, видимо, эволюции). Например, клитор гомологичен (а отчасти и аналогичен) пенису, половые губы - мошонке.
Что касается яичек, то их положение очень менялось у разных таксонов позвоночных животных. Но если просто - изначально были в брюшной полости, позже у большинства взрослых млеков стали спускаться за пределы остальных внутреннлстей для снижения температуры и увеличения эффективности спермагенеза. Но только это "новое положение" стало нелепым и нерациональным - семяпроводы стали неудобно проходить через другие органы, напоминая о своем бывшем положении.