Потому что так вышло. Этимологический словарь Фасмера говорит, что "микроскоп" тернистыми путями пришел к нам из французского. Поэтому на последний слог. У этого слова намного более богатая история.
Майкрософт же слово явно английское. Новое. Это говорит о том, что оно к нам попало скорее всего в эпоху английских заимствований, где по аналогии с самим английским под чистую (насколько это возможно) копируются названия брендов.
Если у заимствованных слов один корень, это не значит, что они произносятся одинаково. У каждого слова своя история заимствования. Приставка -микро продуктивная (слова с ней есть или их можно придумать), в отличие от -майкро, потому что первая очень давно в русском языке появилась.
Майкрософту чуть более сорока лет. Микроскопу около четырехсот
Потому что "микроскоп" - это древнегреческий язык и обозначает класс приборов, а "Майкрософт" - имя собственное и английский язык.
Так же как компания "Alphabet" (владелец Google), это "Алфабет", а не "Алфавит".