Если речь идёт про оригинальный Майнкрафт, то могут, просто не хотят. Переписать игру на другом языке – это, знаете ли, не пару кнопок нажать, а довольно сложная работа. Но просто переписать мало, потому что потом придётся отлавливать кучу багов, которые неизбежно возникнут в процессе переписывания. Да и надо ли его переписывать? Фишка Java в том, что реализации JVM существуют для большинства платформ, и при её наличии программа на Java заработает безо всяких изменений, что позволяет не создавать отдельную версию игры под каждую платформу.
А что касается клонов на других языках – то они уже давно есть, на любой вкус и цвет (тот же Minetest, например – написан на C++, с поддержкой модов на Lua).