Зависит от конкретной ситуации. Вообще, биологически, это защита гениталий. Психологи утверждают, что люди скрещивают ноги (и руки), "защищаясь" от мира и пытаясь показать, что они не хотят общаться. Сексологи утверждают что у женщин скрещенные ноги и/или согнутые в направлении объекта интереса колени являются сексуальным знаком.
Также имеет место привычка и воспитание - психологические исследования показали, что привычка сидеть со скрещенными ногами, или расставив их в стороны или развалившись - в первую очередь дело воспитания, а потом уж биологии.
Ну и непрофессионально из личного опыта: если долго сидеть, особенно, когда колени слегка подняты, выходит немалая нагрузка на икры. Скрестив ноги или положив одну на другую, напряжение сбывает и проще расслабить мышцы.