Основных причин две:
Это объемы производства (как тут уже отвечали). Всегда килограмм хмеля или солода будут дешевле, если покупать 100 тонн, а не 30 килограмм.
Крафтеры обычно используют более качественные и как следствие - более дорогостоящие (или даже премиальные) ингредиенты.
Смысл в том, что во-первых - крафтер часто работает на энтузиазме, не гонится за огромной прибылью. Во-вторых - ему нужно раскрутиться, и многие готовы работать без прибыли - все вбухивая "в дело", чтобы их заметили, и их марки пива начали активнее продаваться, "стали бы на полку".
А крупные "монстры", благодаря своей известности, договорам с супермаркетами и магазинами - работают на грани (а иногда уже за гранью) качества.
Однако из-за мизерных доходов большинства людей в нашей стране - даже сваренное из посредственных ингредиентов крупными концернами пиво, но по цене 50 рублей за бутылку - будет активно продаваться - поскольку только процентов 10-20 любителей пива могут позволить себе заплатить за бутылку прекрасного пива (не важно - импортного или крафтового) 150 и более рублей.
На самом деле причин три, третья это алчность производителя.
Потому что оно производится небольшими партиями. Индустриальное производство всегда дешевле ручного, будь то пивоварение или сборка автомобилей под заказ.
Это вытекает из определения: крафтовое пивоварение подразумевает, что ни на одном ингредиенте специально не экономят. Стоит начать экономить — и быстро окажешься в мире однаковой безвкусной мочи.