Потому что разлагаются. И вообще, в природе ничего не "должно", в природе просто есть. Кости разлагаются слабее чем другие части тела, органика разлагается быстрее, а минеральная часть остаётся и может подвергнуться окаменению, что на порядок увеличивает её долговечность. Но если скелет лежит в почве с высокой кислотностью, то происходит растворение минеральной части.
Интересное явление - это торфяное дубление. Труп, находясь в торфяной почве сохраняется, но в костях происходят значительные изменения. Под действием гуминовых кислот из костей вымывается минеральную основу костной и кости становятся очень мягкими, похожими на хрящи.
Еще стоит отметить что находят не собственно сами кости а окаменелости, которые , по сути уже не кости , но повторяют форму.