Конечно, корень числа бывает отрицательным.
Скорее всего, в вопросе Вы имеете ввиду "арифметический корень" из неотрицательного числа, который по определению является неотрицательным числом. Задаваться вопросом "почему" здесь, пожалуй, не имеет смысла - так было условлено. В некоторых случаях это имеет смысл: например, в геометрии при расчёте длины гипотенузы прямоугольного треугольника мы извлекаем именно арифметический квадратный корень из суммы квадратов катетов, потому что длина не может быть отрицательной.
При этом существует понятие алгебраического квадратного корня, который (например, будучи извлечённым из 49) может быть как положительным, так и отрицательным (7 и -7 в нашем примере).
Полный отстой, а не ответ.