Насколько я помню, температура тела - это мера неупорядоченного движения составляющих его частиц, например, средняя кинетическая энергия движения его атомов. Абсолютно упорядоченное движение будет соответствовать нулевой температуре тела, при этом тепло тела полностью перейдёт в энергию механического движения - как самопроизвольный такой процесс теоретически возможен, но на практике крайне маловероятен, о чём нам и сообщает второе начало термодинамики.
Не знаю, насколько можно говорить о температуре отдельного атома, но ансамбль атомов может быть приведён в согласованное движение внешним воздействием, в частности, когерентным излучением лазера. При этом температура такого ансамбля, по определению, упадёт.
Насколько я понимаю, это и есть механизм охлаждения ансамбля атомов.
Что до отдельного атома, то его охлаждение я могу связать только с уменьшением его кинетической энергии вследствие передачи её каким-либо внешним полям.