Потому, что те блоки, которые являются “атомами” в торрент-протоколе, неделимы. И если уж он начал качаться, то должен докачаться до конца. А поскольку обычно один файл через торрент качается в несколько потоков, а каждый поток скачивает свой блок, то при постановке закачки на паузу эти блоки докачиваются. Но так как не все они в одно время начали качаться, не все качаются с одной и той же скоростью, то и закончится их закачка тоже не в один момент времени, потому и общая скорость закачки падает постепенно.