Почему имена римских богов отличаются от греческих?

Не всех, кстати. (есть как минимум один, чье имя было сохранено при адаптации пантеона)

Я думаю, что имена отличаются примерно по той же причине, по которой итальянский Пиноккио превратился в русского Буратино, Дороти Гейл из "Страны Оз" стала Элли Смит, и т.д. При переводе или адаптации любого текста новый автор зачастую пытается отделить его от оригинала. Немного меняется сюжет, меняются имена действующих персонажей, географические названия и т.д. И вот уже вроде не просто передрали.