Этот странный союз можно назвать в какой-то мере ситуативным для обеих стран, и сложился он буквально незадолго до начала войны. Тем не менее, этот союз оказался выгоден и приносил пользу отдельным сторонам (что неочевидно многим, но понятно при более пристальном рассмотрении, например, морских операций Германии, Японии и союзников).
Тут в одном из ответом приплели Первую мировую войну зачем-то, на самом деле всё началось позже. К началу 20-х Япония была традиционным союзником Англии уже много лет, страны связывали договоры. Она была сформировавшейся парламентской демократией (со своими особенностями, разумеется), соучредителем Лиги наций. Казалось бы, этому ничего не может помешать, но в 21-м году начала свою работу Вашингтонская конференция, на которой Японию сильно ущемили в её стремлениях - во-первых, ей дали на четверть меньшую квоту на постройку новых боевых кораблей (СШ5 -ВБ5 - Яп3 - Фр и Ит по 1.75), во-вторых, заставили расторгнуть англо-японский союз. Одновременно с этим растущая нация стала видеть в бывших союзниках антагонистов в регионе, который считала "домашним" - в Восточной Азии. Рождается идея Великой азиатской сферы сопроцветания - некоей гиперструктуры от Сахалина до Борнео под эгидой Японии.
Тем временем Германия, которая мучительно искала выходы из международной изоляции, заключила ряд договоров со странами, которые находились в похожем состоянии - так, по инициативе, что самое удивительное, консерваторов из рейхсвера были заключены договоры с СССР и Чан Кайши. В Китай (вернее в регионы, которые этот лидер контролировал, страна была разроблена, шла гражданская война) отправляли военных советников (одно время им был сам Ганс фон Сект, командующий рейхсвера), продавали оружие и амуницию (в частности, чанкайшисты красовались в немецких штальхельмах и были вооружены маузерами - как пистолетами, так и винтовками), создали военную академию. При Гитлере одно время это продолжалось, но позже он переориентировался на более сильную Японию (которая начала вооружённую экспансию в Китай), к тому времени гипермилитаризованную и катящуюся к диктатуре военных.
Какова была логика этого союза? В отвлечении сил основных противников (для обеих стран это были Англия и Франция). Так, необходимость держать в южных и дальневосточных водах и странах значительные контингенты войск и формирования боевых кораблей для противодействия возможной японской агрессии означало, что эти войска не будут задействованы в Европе, что было важно и немецкой армии, и в особенности воссоздаваемому немецкому флоту (который с момента принятия решения о строительстве новых боевых кораблей ещё в 20-е строился как океанский): меньше вражеских кораблей в море - больше шансов на свободные действия на коммуникациях противника.
Тем не менее, Япония вступила в войну довольно поздно. Это было связано с комплексом причин, которые право очень долго перечислять, но не все японские политики хотели войны. Им долго удавалось сдерживать милитаристские порывы военных, но осенью 41 года окончательно победили "ястребы", и идиотским планом Ямамото началась война на Тихом океане. Внешним триггером были санкции на поставку нефти, железной руды, каучука и других стратегических товаров со стороны США и Англии (Америка была главным поставщиком нефти японцам) за японскую агрессию в Китае, введённые в 41-м.
Последний вопрос - почему юг, а не СССР? Во-первых, в 40-м был заключён договор, следовать которому японцами считалось выгодным даже в 41-м. Во-вторых, если Дальний Восток в 40-е был большой холодной пустыней без путей сообщения и нужной Японии ресурсной базы (ну нет на ДВ нефти, и каучуконосы не растут, а сырьё для металлургии на завод в Комсомольске везут с запада), то на островах южных морей было в изобилии всё, что нужно. В-третьих, на границе с японскими владениями на континенте стояла отдельная дальневосточная армия единым контингентом (ок. 800 тыс., и эта цифра только росла), то в колониях британцев, голландцев и французов стояли разрозненные части, которые элементарно в силу изоляции друг от друга было легко разбить по частям. В-четвёртых, только на южном направлении можно было применить главный козырь японцев - "Кидо бутай", эскадру из пяти тяжёлых авианосцев в сопровождении быстроходных линкоров (линейные корабли сохраняли своё значение до конца войны на самом деле), крейсеров и эсминцев, в то время как в атаке на север флот не очень-то и нужен.
Вот такая вкратце история этого союза, который был вдейственным и вовсе не бесполезным.