Метрика определяет фразы, которые привели посетителей из Поиска Яндекса, по рефереру и cookie браузера. Cookie выставляется на домен, на который посетитель переходит из результатов поиска. Срок действия cookie ограничен. Метрика может не определить фразу по следующим причинам:
Срок действия cookie закончился. Например, посетитель перешел по ссылке из результатов поиска и оставил страницу открытой на долгое время, затем обновил ее или закрыл.
Страница, по ссылке на которую перешел посетитель из результатов поиска, перенаправила его на другой домен.
Браузер посетителя блокирует cookie.
Определять поисковые запросы не из Поиска Яндекса метрика не может, так как другие поисковые системы шифруют свой трафик по протоколу https в момент запроса.