С одной стороны, если вопрос был правильно понят мной, героев ненадолго разлучили жизненные обстоятельства. Белогорская крепость оказалась окружена шайкой Пугачева, и необходимо было спрятать Марью у попадьи на время, избежав опасности убийства или взятия в плен девушки. Но вскоре Гринев едет в Оренбург освободить возлюбленную. Получая записку от Марьи, в которой она ему сообщает о намерении Швабрина жениться на девушке, герой еще больше переживает и стремится скорее увидеть капитанскую дочку. Не без помощи Пугачева Гринев освобождает девушку из рук Швабрина и уезжает из крепости. Затем уже по милости Екатерины Второй, услышавшей об отце Марье капитане Миронове, Петру отменяют наказание - ссылку в Сибирь. Окончательно встретившись после освобождения Гринева из тюрьмы спустя какое-то время герои заключат брак и счастливо заживут в Симбирской губернии.
Рассматривая ваш вопрос с другой стороны, он некорректно составлен: герои не расстаются и в итоге оказываются вместе, разлучаясь лишь на время из-за жизненных обстоятельств.