Почему, если мужчина думает, что он Наполеон, его лечат, а, если считает, что он женщина, его права защищают?

Ни того, ни другого не лечат принудительно. Для принудительного лечения должно быть основание: либо человек опасен себе, либо другим, либо недееспособен ввиду болезни. Поэтому считать себя можно кем угодно - всем плевать. Но если признаешься врачу в том, что у тебя из-за проблем с гендерной самоидентификацией, начались суицидальные мысли, то за тобой будут обязаны вызвать наряд из психушки. 

Суть лечения в том, чтобы человеку стало лучше. Психиатрическое лечение - не палка для битья неугодных нам социальных групп. Мужчина не считает себя женщиной просто так, потому что ему так захотелось. У этого есть медицинские причины. Чаще всего они кроются в генетике (набор хромосом не соответствует стандартному XX или XY, а может быть, например, X0  или XXY) или в биологии. Формирование пола ребенка в утробе матери - очень сложный многоэтапный процесс. Малейший сбой в выработке какого-то гормона, например, и вот у нас уже человек с генетикой мужчины, но половыми признаками женщины. Вариаций отклонений может быть много. Отправить такого человека в палату к "Наполеону" и лечить его теми же методами - просто не эффективно. Это не решает проблему. Таким людям требуется иная медицинская помощь, в зависимости от их ситуации. Например, кто-то не хочет менять пол, а просто хочет восстановить утраченную из-за этого "сбоя" в биологии, возможность завести детей. Кто-то хочет поменять пол, чтобы привести свою "биологию" в соответствие с генетикой (так как это несоответствие может стать причиной сильного дискомфорта). Варианты помощи таким людям могут быть разные. И они за ней обращаются вполне себе добровольно. Они бы рады ее получить. В описанном в вопросе случае переход мужчины в женское тело - и есть "лечение". Однако переход - это очень дорого, долго и болезненно. Не все могут его себе позволить. Не каждый на него решится (результат внешне может быть непредсказуем, родные могут не принять и т.д.). Поэтому не каждый, кто из-за этого страдает, идёт на такое "лечение". И, поверьте, если бы они могли решить свою проблему за пару сеансов у психиатра, они бы с удовольствием это сделали. Такая жизнь для большинства очень мучительна. Если бы решение было для них таким простым - они бы на него пошли. Но их проблему так не решить. 

Есть люди, которым не требуется лечение. Лечение нужно тогда, когда есть угроза жизни, или человеку плохо от его состояния. Если человеку комфортно в его теле, и нет никакой угрозы ему или другим - зачем ему лечение? Это просто экономически нецелесообразно и глупо. Если гендерквиру с мужскими половым и признаками, чтобы чувствовать себя комфортно, достаточно просто одеваться в женскую одежду  - вам какое дело? Вам подол его платья идти по улице мешает? Человек нормально себя чувствует, он не заразен, не умирает - зачем его вообще "лечить". Ваш сын, насмотревшись на него, не пойдет себе пипиську резать - это невозможно "пропагандировать", потому что, читайте выше - причины трансгендерности в биологии.