Никто этого толком не знает, кроме самого Рафаэля Корреа — президента Эквадора в то время (разрыв отношений произошёл в феврале 2012). Документы на эту тему не содержат каких-то пояснений толком, там просто сказано: мол, в соответствии с внешней политикой Эквадора принято решение более не признавать Мальтийский орден в качестве государства, а считать его просто религиозно-гуманитарной организацией. Эквадорская пресса сама на эту тему недоумевала.
Причём что интересно — Эквадор начал с иоаннитами дипломатические отношения в 1954, то есть одним из первых признал их государством, да и посольство появилось в 1970 (тогда как в Германии, скажем — лишь пару лет назад). Но Эквадор же стал и единственным, кто отношения разорвал. Хотя каких-то явных конфликтов не было.