Я предпочитаю подсаживаться на места, рядом с которыми вообще никто не сидит.
Если таких мест нет, предпочтительнее места в углу. Также места слева по ходу поезда предпочтительнее мест справа (для меня, привычка такая). В остальном разницы нет.
Но если говорить о парнях, иногда мне не нравится сидеть рядом с ними, потому что у них очень широко раздвинуты ноги, и когда я сажусь, они их почти не сдвигают, и мне приходится ютиться в углу. И это не очень мило с их стороны.