Для этого имеются несколько причин:
Вода в обычных условиях это жидкость, а для усиленного отведения тепла лучше использовать жидкость.
Вода это доступное, дешевое и распространенное химическое соединение.
Вода обладает одной из самых высоких теплоемкостей, т.е. она может больше поглощать и лучше переносить тепло от двигателя к радиатору.