Потому что QuickTime Player разработан Apple, так же как iTunes, Safari, Calendar, Preview, Notes и другие базовые программы Mac OS.
«Непопулярность» QuickTime Player обусловлена тем, что он не поддерживают формат .MKV (видео с субтитрами и звуком), который чаще всего используется на торрентах. А так же не использует системные хаки вроде усиления звука.
VLC и MPlayerX — отличные приложения, но они не могут полностью заменить QuickTime Player, потому что в отличии от последнего не умеют записывать видео с экрана компьютера, камеры, экрана айфона и айпада, отрезать лишнее, собирать одно видео из нескольких.