В первую очередь радует количество ответов по этому вопросу, что атеизм вовсе не появился "так поздно".
Сомнения в религии имеет очень давнюю историю.
Даже в такой древней цивилизации как тысячелетняя история Египта, находятся мысли в полустертых иероглифах, выражающие сомнения в богах и попытке выйти за рамки тех представлений.
Правда, не нужно путать скептицизм и собственно атеизм. Хотя их связь чаще всего наглядная и явная.
К примеру, Сократ на суде честно признал, что он верует в богов, но осудили-то философа в первую очередь за "отрицание богов, создание новых богов и развращению молодежи"!
Эпикур, при ироничном отношении к богам, всё же не атеист в современном понимании смысла.
Цельс - первый критик христианства, тем более не был атеистом, хотя по отношению к новой религии того времени, рассуждения римлянина носят атеистический характер.
Наконец, в наше время мы легко можем увидеть не только многочисленных последователей мировых религий, но и веру в магию и в самые древние суеверия и культы. Зачастую, даже наши шаманы на севере, прежде чем начнут проводить обряды, по мобильной связи узнают о прогнозах погоды и политики, а инетовские форумы переполнены различного рода религиозным бредом и агитацией.
Но вернемся к вопросу.
На мой взгляд ответ один : примерно в XVII-XVIII веках церковь, под которой нужно понимать вообще орган управления власти был наконец отделен от светской власти.
Вспомним, что любой консул в Древнем Риме было лицо в первую очередь религиозное как главный понтифик. В имперский период произошло вообще слияние власти духовной и власти кесаря. Поэтому выступление против религии чаще всего могло и воспринималось как противодействие Власти. В таких условиях быть атеистом всё равно что подписать себе смертный приговор, или в лучшем случае - изгнание.
Когда же церковь была отделена от государства, то критика религии получила ту свободу, которая и привела к появлению современного атеизма.
В некоторых современных исламских странах атеизм вне закона, а потому в них нет организаций атеистов. Но всё равно есть хоть немного, но атеистов, которые живут либо в стране, либо за её пределами. Время уже не остановить.
Интересно также отметить, что в истоках современного атеизма были... не просто верующие люди, а священники, богословы, теологи... которые не могли не видеть противоречий и лицемерие религиозных представлений и канонов. Новые исторические условия позволили им открыто начать критику религии... которая не прекращается и по сей день.