Почему акулы и крокодилы за миллионы лет внешне не изменились, а лишь уменьшились?

Еще как изменились! И в большинстве своем практически не измельчали.

Крокодилы претерпели чуть ли не наибольшее количество эволюционных изменений, чем какие-либо другие высшие позвоночные. Первые крокодиломорфы были очень активными наземными животными с развитой системой вентиляции легких и высоким уровнем обмена веществ (считается что они даже были теплокровными) - бегали за своей добычей точно также, как современные лисицы. И вот из них уже пошли все остальные крокодиломорфы.
Современные крокодилы - это только одна из многих эволюционных линий крокодиломорфов, а были среди них и крупные наземные хищники, и полностью морские формы, и полуводные фильтраторы, и всеядные, и даже преимущественно растительноядные наземные животные... Большинство крокодиломорфов вообще не возвращалось в воду, а как были наземными животными, так и оставались ими.
И вот теперь стоит только представить, какие сложные анатомические и особенно физиологические изменения пришлось претерпеть базальным крокодиломорфам, чтобы из наземных "бегунов" превратиться в полуводных "увальней", неподвижно лежащих в воде и днями напролет ожидающих свою жертву в засаде... Тут образовалось и отверстие в сердечной перегородке для смешивания артериальной и венозной крови, и "разъехавшиеся" из парасагиттального положения в разные стороны конечности, и печеночно-поршневой механизм с диафрагмой изменились в регулятор плавучести, и второй круг кровообращения задействовался исключительно для поддержания высокой кислотности в желудке.
Причем, современные группы крокодилов (настоящие крокодилы, аллигаторовые и ложные гавиалы) появились только в позднем меловом периоде, около 83,5 млн лет назад. "Триасовые крокодилы" - это классический биологический ляп из документальные фильмы. Как гласит классический закон кладистики, все крокодилы - крокодиломорфы, но не все крокодиломорфы - крокодилы.
Какой-либо тенденции к уменьшению со временем у крокодилов тоже не проглядывается. Последние гигантские крокодилы (гавиалозухи, эвтектодоны и особенно римазухи) исчезли сравнительно недавно. При том современный гребнистый крокодил, даже не смотря на очевидную деградацию вида из-за изменений климата в плиоцене-плейстоцене и истребления человеком, больше большинства вымерших видов крокодилов.

С акулами все несколько проще: их век закончился еще в Девоне, когда они проиграли "гонку вооружений" куда более совершенным во всех отношениях костистым рыбам (особенно тетраподоморфам). Далее стоит только какой-нибудь ящерице или пакицету плюхнуться в воду и отрастить ласты, как акул (пускай хоть выросших до "мегалодонов") мигом сдувает с верхней части пищевой цепи. Единственная заслуга акул в том, что они переживают всех своих конкурентов, и в отличии от костистых рыб охотно занимают их ниши в периоды массовых вымираний. Но для чего-либо грандиозного акулы слишком примитивны. Что касается размеров, то в современном океане просто напросто нет необходимых условий в виде большого количества падали и обогащенной кислородом воды, чтобы в нем могла существовать такая туша, как отодус мегалодон.