Вероятно, надо спросить не почему, а чем.
Отличаются, прежде всего, менталитетом. Так называемые афроамериканцы, в массе своей, относятся к недавним мигрантам из Африки ну если не как к людям второго сорта, то как городские жители относятся к деревенским. Это и понятно, поскольку сейчас афроамериканцы имеют значительные плюшки от государства, а африканцы — это просто люди, приехавшие в США.
Существует некоторое противостояние между местными и приезжими неграми. Местные не особенно стремятся общаться с приезжими. Ни одна местная не выйдет замуж за приезжего. У них разное всё. Если африканцы стремятся найти работу, то местные сидят на пособии и работу считают ниже своего негритянского достоинства. Так думают даже те, чьи предки приехали в США всего 100 лет назад и никогда не были рабами. Кстати, о рабовладельцах — многие рабовладельцы, если не большинство, сами были неграми. Но это уже другая история.
Так всё-таки, «Почему афроамериканцы отличаются от африканцев?» Афроамериканцы — граждане могущественного государства. Страны, из которых приезжают африканцы, считаются бедными, коррумпированными и находящимися в постоянных гражданских войнах. Их граждане умирают от голода, необразованны и неграмотны.
.
...отличаются от африканцев, то есть от всех африканцев во всех странах Африки?
В вопросе присутствует ошибка — африканцы не похожи друг с другом, а имеют большое разнообразие. Возьмем, к примеру, кенийского масаи и нигерийского йоруба. Если они оба не говорят по-английски, то с самого начала едва могут общаться. Их культуры будут совершенно разными и т. д.