На самом деле элементарно. Поскольку художники писали Адама и Еву по моделям и референсам таких же людей, которыми являемся и мы сейчас, со всеми известными физическими деталями, то они просто не могли пройти мимо и такой детали, как пупок. К слову, пупки можно видеть у первых людей не только на современной живописи, начавшейся с эпохи Ренессанса, но и даже на куда более древних мозаиках, росписях и фресках. Предвосхищая, можно задать другой вопрос - а почему Адам и Ева изображаются белыми европейцами, а не относительно смуглыми как люди Ближнего Востока?
Впрочем, реальная сущность вопроса понятна. Традиционное или же классическое толкование настаивает на том, что Адам и Ева были созданы Богом как бы "из ничего", или же, точнее, напрямую из земного праха (Быт. 2:7), и большинство художников до нашего современного периода, скорее всего, стояли на схожих позициях. Порой это толкование заходит шире и даже настаивает на том, что тела Адама и Евы до грехопадения качественно отличались даже внешне от тех, что мы имеем сегодня. Следовательно, никаких родителей и предков у них быть не могло. Следовательно, и вопрос - а откуда взяться у них пупкам?
Ну, к слову, даже с "землей" здесь не всё так просто. Как известно из Книги Бытия, все животные были произведены водой (Быт. 1:20-21) и землей (Быт. 1:24-25) по повелению Бога. В свою очередь, создание человека из праха земного некоторыми святыми отцами толковалось как творение из уже имеющегося материала. Христианство изначально отстаивает ту позицию, что духовное происхождение человека происходит однозначно от Бога, и этим в первую очередь обосновывается качественное отличие человека от прочих животных. Но вот решение телесного вопроса или вопроса физического происхождения может быть куда сложнее. Относительно просто, но не полно, его изложить можно следующим образом.
Современная наука с большой степенью достоверности настаивает на том, что человек физически всё-таки произошел от предков-приматов (да и сам классифицируется как один из высших приматов), и что, скорее всего, человеческая популяция изначально не ограничивалась одной парой, хотя здесь и не обязательно отрицание исторических Адама и Евы.
В богословском ключе можно сказать, что "земной прах" в таком случае есть единое начало в принципе всего животного мира (по аналогии с концепцией абиогенеза, где органика синтезировалась из неорганических элементов), и человек здесь не исключение. И что для Бога наличным материалом для создания тела человека являлись уже существующие животные роды, один из которых по мере эволюции и образовал наш собственный вид.
Для верующих, стоящих на позициях концепции теистического эволюционизма, пупки Адама и Евы в таком случае не являются чем-то в принципе смущающими. В то же время, люди, отстаивающие "сепаратное" творение человека или же просто не дающие категорического ответа, могут обойтись объяснением, данным в первых предложениях моего ответа.
Веришь или нет? А есть пупок или нет - это бред....ни о чём....