Это нормально.
По Конституции правительство может подать в отставку в любой момент. Наше подало в отставку после того, как Путин объявил о необходимости нового механизма назначения кабмина.
Чем грозит? По большому счету ничем. Ну, разве что Дума перессорится по поводу назначения какого-нибудь министра, но у каждого министра есть замы, есть общая политика каждого министерства, так что нет явных причин для провала в каком-то направлении. Аналогично если назначат какую-нибудь особо одиозную личность, то у Президента остается право снимать министров с должности.
При этом назначение на должность министров, подчиняющихся напрямую Президенту (например, МВД и МО), остается за Путиным, и наверняка Колокольцев и Шойгу останутся