Плодиться и размножаться - это разное, или одно и то же, тогда почему Бог повторяется?

Это не синонимы. По-древнееврейски, первая заповедь - "пру у-рву" - "плодитесь и размножайтесь", конкретнее, чем по-русски. Пру - это именно оплодотворяйте друг друга, а рву - это умножайтесь в количестве. Талмудические толкования полагают, что так был оглашен приказ живым существам разделиться на два пола ("на первый-второй рассчитайсь!") и проводить размножение путем сочетания полов. А второй приказ - просто пояснение, что таким образом умножится количество сущностей. То есть это не тавтология, а два разных повеления. За ними следуют еще два - тоже логично следующие из них: распространяйтесь (своим умноженным количеством) по земле и (таким образом) станьте на ней доминирующим видом. Всё верно и логично.