При беге вы ориентируетесь/перемещаетесь в двух измерениях, при плавании - в трёх.
При беге вы получаете наиболее сильные ощущения от ног, при плавании ощущения распределены более равномерно по телу и их больше, так как вода оказывает сопротивление при движении больше, чем воздух.
При беге ваша фоновая задача - не упасть, падение обычно не грозит смертью, при плавании ваша фоновая задача не утонуть.
Подытожим: более сложная работа для мозга это плавание. Развитие способности ориентироваться в пространстве и координировать работу всех групп скелетных мышц для одной задачи происходит больше при плавании. В то же время, плавание и бег это достаточно разные навыки, ценные по отдельности, и говорить, что умение плавать важнее умения бегать, было бы верно не для всех людей.