Главный вопрос не в существовании души, а в понимании (толковании) что это такое. Допустим те же атеисты "отрицают существование" именно такой души, как она понимается и трактуется в религии.
А в жизни часто сами пользуются этим термином. Но понимают под ним нечто иное. Возможно и схожее по качествам, но никак не нечто вечное, а постепенно формирующееся у человека с рождения, частично наследуемое от предков и исчезающее вместе со смертью человека. Такую душу они и не отрицают.