Как и всегда и везде, официально это было "насилие во имя ненасилия и веры". Многие направления буддизма оправдывали войны ради распространения буддизма и установления мира и порядка. "Можно убить одного ради жизней тысячи". Конкретно воины-монахи преимущественно защищали свои монастыри, оберегая наиболее продвинутых монахов от гибели и военных хлопот. Медитативный и молитвенный труд высокопоставленных подвижников считался столь важным, что его нужно было защищать любой ценой.
Конечно, это была лишь официальная риторика. На практике воины-монахи и буддийские армии творили много такого, что ни в какие религиозные рамки не вписывалось.
Также была точка зрения, что достигший просветления монах может делать все, что считает нужным, поскольку он просто не может поступить неправильно. Даже если его действия формально не вписываются в канон, они благи, поскольку монах руководствуется глубоким пониманием, непостижимым для простых смертных. Это, кажется, было особенно типично для тибетского буддизма.
Простите, а вы не можете дать название этого направление и подтверждающие ссылки?
Похоже, что с буддизмом вы знакомы слабо