Учёные утверждают, что есть некие механизмы обмена информацией между эмбриональными клетками, благодаря которым они выстраиваются определённым образом и после деференциируются в необходимые клетки и ткани. На данный момент нет общепризнанной и доказанной теории как конкретно это происходит.
Существует мнение, что каждая клетка имеет, как-бы координаты того, где она должна пространственно располагаться в теле зародыша. Опять же механизм этот не изучен.
В свою очередь можно с уверенностью говорить, что когда клетки распределяются на экто-, эндо- и мезодермальные зародышевые листки (те что выстелают будущий зародыш снаружи, его внутреннюю полость и те что находятся между первыми двумя), в процессе гаструляции, каждый из этих 3 видов клеток даёт начало определённым и строго детерменированным тканям и клеткам. Например из эктодермы происходят нервная ткань и покровные ткани - кожа, из эндо- эпителий выстелающий ЖКТ, из мезо- ткани внутренней среды(кровь и др.).
Также на дифференцировку клеток оказывает влияние окружающей среды, т.е. повавши в окружение костных клеток, стволовая клетка тоже становиться клеткой костной ткани.