Да, атом имеет тень и не только атом, но и атомное ядро и даже нуклоны в ядре. Тени по определению зависят от того, каким образом и чем освещается объект. Очевидно, в тёмной комнате теней нет. Если осветить объект потоком нейтрино, то даже человек не оставит тени, а для нейтрино малых энергий и планета Земля останется без тени.