Заключить договор на ЭДО и получать все документы напрямую в программу. Этот способ работает только если Ваши партнеры так же используют ЭДО.
Загрузка документов из excel. Для этого нужно просить Ваших партнеров дублировать документы в электронном виде на почту в идеале в формате excel или в любом другом из которого можно конвертировать в данный формат.