Я не знаю, по каким точно алгоритмам работает агрегатор Яндекса, но агрегатор по умолчанию - это беспристрастный механизм, который не создает новости, а только собирает их из всех доступных источников.
Конечно, не должно возникать ситуации, когда агрегатор цензурируется и собирает новости только из источников с определенной позицией, но при этом создатели агрегатора отвечают и за то, чтобы в него не попадали совсем "желтушные" и недостоверные СМИ. Отдавать предпочтение менее известным СМИ, только потому что они высказывают "альтернативное мнение" честный агрегатор тоже не имеет права, т.к. это уже преференции (даже если это позитивная дискриминация).
По данным Яндекса, сейчас он собирает новости с 6630 разных СМИ, в том числе, например, околооппозиционной "Медузы". Приоритет получают новости по количеству источников, которые ее опубликовали. Поэтому если 1000 СМИ опубликуют новость о том, что Путин поймал щуку, и 100 СМИ опубликуют новость о новом антикоррупционном фильме, то вполне естественно, что Путин получит в 10 раз больше освещения, в том числе в агрегаторе.
Справедливо ли это? Не знаю, но вполне беспристрастно, поэтому агрегатор со своей работой механизма справляется.
Отвечая на первоначальный вопрос - не думаю, что этот вопрос беспокоит Яндекс, поскольку они скорее всего придерживаются обозначенной позиции, что их сервис это механизм для сбора наиболее популярных новостей, а не самостоятельный источник СМИ со своей редактурой.