В ответе на этот вопрос есть две составляющие.
Для начала мы можем предположить, что сам аргумент "Мозгов в бочке" корректен. В этом случае Патнэм не опроверг самой возможности условной Матрицы, но блокировал для нас возможность осмысленно говорить о ней. Смысл аргумента такой: даже если мы на самом деле мозг в бочке, мы не можем осмысленно сказать, что мы мозг в бочке, потому что у нас не получится осуществить референцию за пределы иллюзорного мира "внутри бочки" к реальному миру и нам как мозгу в этом реальном мире (последний факт связан с жестким отстаиванием каузальной теории референции). Значит, вполне возможно, что в действительности мы болтаемся в чане, но корректно сказать об этом невозможно. А если об этом нельзя осмысленно сказать, то нам остается только отказаться от самой гипотезы.
Это если сам аргумент корректен. Но вполне возможно, что он ошибочен. В частности, можно отметить, что он ключевую роль в этом аргументе играет упомянутая каузальная теория референции Крипке-Патнэма. Во-первых, если она некорректна (на каком-нибудь независимом основании - например, в ней есть скрытое противоречие), весь аргумент разваливается. Во-вторых, в ее корректности можно усомниться уже на основании самого этого аргумента. Каузальная теория референции - как и любая теория рефренции - это эмпирически непроверяемая теория; иными словами она неверифицируема. Значит, то, насколько она корректна, должно определяться на основании, по меньшей мере, двух отличных от верификации факторов: непротиворечивости и способности убедительно описывать все те явления, для описания которых она была предназначена (т.е. явления референции). Однако Патнэм ведет себя так, как будто каузальная теория референции - это уже независимо подтвержденная теория, т.е. как если бы она была одной из естественнонаучных эмпирически верифицированных теорий, из которых после их верификации можно извлекать следствия, которые тоже можно считать истинными. Аргумент от "мозга в бочке" - это как раз такое следствие из каузальной теории рефренции. Но это контринтуитивное следствие, о чем сам Патнэм говорит. Контринтуитивные следствия из теории были бы допустимы, если бы сама теория была независимо подтверждена, так что у нас были бы четкие основания считать ее истинной вне зависимости от этих следствий (многие чисто теоретические следствия современных физический теорий вполне контринтуитивны), либо если бы у нас был бы способ эмпирически проверить истинность самих этих контринтуитивных следствий (как в случае, например, с пятном Пуассона). Однако в случае Патнэма невозможно независимо проверить на истинность ни теорию , ни ее следствия. В этом случае, мне кажется, мы можем считать, что сам факт того, что теория каузальной референции дает контринтуитивное следствие, должен быть рассмотрен как свидетельство против самой этой теории: теория каузальной референции не справляется с описанием определенной ситуации референции - а ведь ее ценность, как и любой иной теории референции - исключительно в том, чтобы быть успешной при описании всего возможного множества случаев референции.
Таким образом, в целом ответ: нет. Если аргумент верен - то нет, Патнэм не опроверг возможность Матрицы, а только запретил референцию к ней. Если аргумент неверен - то даже последнее ему не удалось.