Здравствуйте! Вы можете хранить документы в том порядке, как вам удобно . Важно, чтоб при запросе проверяющих органов вы могли найти необходимые документы. Что касается личных дел : хранение копий документов сотрудников возможно лишь в сейфе, ключ от которого находится у штатного кадровика, либо у сотрудника, наделенного данными обязанностями , приказом. Хранить копии личных документов (копия паспорта, СНИЛС, свидетельств и т.д.) можно только работающих сотрудников. При необходимости подавать копии документов,мнапример, в ФСС, надо запрашивать у сотрудников копии документов каждый раз заново. По закону копии личных документов нельзя хранить даже в электронном виде на компьютере или флэшке. Так что ваш метод хранения кадровых документов совершенно приемлем.